出生在江戶，是一个武士之家的次子。幼时勤勉好學，師從儒學家林鵞峰和林鳳岡。父荻生景明是德川綱吉的御醫。延寶七年（1679），其父因惹怒了德川綱吉被判放逐，荻生一家也被迫從江戶搬遷至其母的故鄉上總國長柄郡的本納村（今茂原市）。在13年的本纳村生活中，荻生徂徠自學了漢學、日本學及佛學，學問突飛猛進。元祿五年（1692），幕府赦免了徂徠之父的罪過，徂徕一家得以返回江戶。回到江戶后，徂徕在增上寺附近開辦私塾。相传当时十分贫困的徂徕，受到了附近豆腐店老板的大力帮助。徂徕发迹后，为了报答恩情，每月会拿出一部分俸禄赠予豆腐店老板。赤穗事件中豆腐店不幸被浪人烧毁，徂徕便出资重建了被浪人烧毁的豆腐店，因此留下了“徂徕豆腐”的逸闻。
元禄九年（1696），将军纲吉的亲信柳泽吉保提拔徂徕做自己的讲师，经常就政事询问徂徕的意见。赤穗事件中，儒士们就义士的处置问题争论不休。徂徕认为赤穗义士的行为违背了幕府的法律，罪已至死，但他们的行动符合武士道的义理，故应该让义士们保留武士的尊严，用切腹的方式自行了断。徂徕的建议令柳泽吉保十分满意，最终幕府的判罚与徂徕的意见相同，徂徕因此名声大振。[2]宝永六年（1709），德川纲吉去世，其亲信柳泽吉保失去了政治地位。荻生徂徕于当年离开柳泽府邸，在茅场町开办了蘐园私塾，吸引了大批学生，逐渐形成了蘐园学派（又称徂徕派）。
隨着蘐園學派的發展，荻生徂徕的名氣也越来越大。時人評價：徂徕的一句批評，能讓人
萬念俱灰；而徠的一句表揚，能讓人欣喜若狂。[3]享保七年（1722）後，荻生徂徠得到幕府第八代將軍德川吉宗的賞識，經常在政事上提供建議。1728年享有盛名的荻生徂徠去世，享壽63岁，葬於江戶長松寺。